Aunque tan sólo tenía 36 años, John Smith era una leyenda cuando llegó a este lugar oculto cerca de Spey en 1869. Con veinte años, ya era el gerente de Macallan. Siguió como director en Glenlivet en 1858 y tras un período alejado de Speyside en la destilería Clydesdale en Wishaw, regresó como el arrendatario de Glenfarclas en 1865.
Este gran hombre, pesaba unos 165 kilos, tenía en mente crear su propia y definitiva destilería en Speyside. Obtuvo de Sir George Macpherson-Grant una licencia para un emplazamiento antes utilizado por destiladores ilegales en Ayeon Farm, parte del estado de Ballindalloch Castle, y escogió bien el momento y el lugar.
Durante unos veinte años no se construyó ninguna otra nueva destilería por los alrededores, pese al crecimiento repentino experimentado por el consumo de whisky.
Pero no sólo esto, el terrateniente escogido por Smith era un accionista importante del nuevo ferrocarril; construyó la destilería con un apartadero privado con la confianza de que el tráfico de mercancías aumentaría. A menos de un kilómetro del ferrocarril de Strathspey en Ballindalloch Station, esta fue la primera destilería de Speyside ubicada para sacar provecho del transporte por ferrocarril. Diseñada por el experimentado arquitecto de Elgin Charles Doig, los edificios de la nueva destilería estaban tallados en dura "roca verde", tipo granito. Esta roca había sido extraída de la colina de 487 metros de altura de Cragan Mor, de la cual ha tomado su nombre la destilería. La mayoría de la producción anual, que alcanza unos 455.000 litros, fue inmediatamente vendida a James Watson de Dundee para su mezcla.
Tras la muerte de John Smith en 1886, su hijo Gordon, de 14 años, era demasiado joven para tomar las riendas del negocio. El hermano de John Smith, George Smith, supervisó la empresa hasta que Gordon llegó a la madurez, período durante el cual Cragganmore se convirtió en la primera destilería de Speyside en aprovecharse del transporte por ferrocarril. En 1887, un año después de la muerte de John Smith, el primer tren "especial de whisky" salió de Ballindalloch con un cargamento de 72.800 litros.
Inusitadamente, el joven Gordon Smith aprendió el negocio en Sudáfrica antes de tomar el control en 1893. En 1901, reconstruyó toda la destilería tal y como la conocemos hoy, aunque para conservar la tradición, preservó los dos pares de alambiques, diseñados por el propio John Smith, que muestran la genialidad extrema de John, ya que los conductos de la parte superior de la olla son planos y de sección cuadrada, en lugar de curvos, lo que hace que la superficie de contacto entre el cobre y el líquido sea mayor, permitiendo una condensación más rápida y por tanto, una suavidad única.
Durante los posteriores cambios en la propiedad y dos guerras mundiales, Cragganmore continuó produciendo un malta complejo y muy apreciado, y en 1925 fue considerado por los Master Blenders (maestros mezcladores) como el mejor malta para mezcla de toda la región de Speyside.