Glenkinchie fue fundada en 1837 por los hermanos Rate, junto al tradicional pueblo de Pencaitland, y siempre ha agradecido su proximidad a las colinas, donde brota suavemente el agua de manantial y la cebada.
Durante la revolución agrícola de finales del siglo XVIII se introdujo la cebada que se cultiva actualmente en East Lothian, que hasta entonces había sido una región de cultivos más bastos y de menor utilidad para los destiladores de la zona. John Cockburn, el padre de la revolución agrícola escocesa, promovió algunos de los principales cambios a nivel local, en Ormiston, el corazón de la comunidad agrícola del sur de Tranent. Al abrigo de las colinas, los hermanos Rate aprendieron de estos experimentos, y se cree que empezaron a trabajar en esa zona o sus alrededores en 1825, llamando a su primera destilería Milton. La tierra que cultivaban había pertenecido siglos antes a la familia De Quincey, de ahí el nombre de “Kinchie”. Esta tierra formaba parte de Lothian, nombrada así por el hermano del Rey Arturo Lot, cuya corte estaba cerca, en Traprain Law.
La cebada que utilizaban era cultivada en tierras abonadas con algas marinas locales, maduraba antes y era más ligera que el grano cultivado en otras zonas, cualidades muy valoradas para la elaboración de los maltas de las Tierras Bajas. El bagazo procedente de la destilería se utilizaba para alimentar al ganado de la villa de Pencaitland; la raza Aberdeen Angus, ganadora de premios, nació en Glenkinchie Farm.
Glenkinchie fue finalmente reconstruida en la década de 1890 como la destilería de modelo victoriano que hoy conocemos, con sus distintivas edificaciones de ladrillo rojo, casas para trabajadores e incluso una pista de bolos.